Není přesně známo, co vnuklo Hahnemannovi myšlenku provést výše uvedený experiment, ale již Paracelsus používal u některých svých léků princip léčby „podobného podobným“. Hahnemann se jím zřejmě inspiroval, ale svou roli však muselo sehrát i štěstí. Vzhledem k tomu, že došlo u Hahnemanna k rozvoji příznaků již po několika dávkách chininu, musel být na tuto látku citlivý. U různých jedinců totiž dochází při zkouškách léků k rozvoji příznaků za různou dobu (po dostatečném počtu dávek) a u některých se by se reakce projevila například až za několik týdnů čí měsíců. Citlivost jedince na určitou látku je hlavním předpokladem a pilířem úspěšné homeopatické léčby.

Hahnemann také provedl další důležitý experiment. Uvědomoval si, že mnoho látek, které se používaly v tehdejší medicíně nebo které by mohl potenciálně použít pro výrobu homeopatických léků, bylo jedovatých a toxických. Zkusil je proto podávat v menším množství, přičemž předpokládal, že hlavní léčebný efekt spočívá v jejich podobnosti se symptomy pacienta, a nikoliv v jejich množství. Zjistil, že přestože podává čím dál menší dávky, léčebný efekt látek se nevytrácí, ale redukují se tím jejich toxické účinky (pokud je látka podána na základě zákona podobnosti). Na základě dalšího experimentování stanovil přesný postup výroby homeopatických léků, který nespočívá v pouhém ředění látek, ale roztok se po každém stupni naředění zároveň silně mechanicky protřepává. Hahnemann mimo jiné také zjistil, že některé látky, jež mají v surovém stavu na lidský organismus velmi slabý vliv, se v homeopatickém ředění ukázaly jako velmi účinné léky s výraznými vlivem na lidský organismus.

Dr. Hahnemann učinil několik dalších objevů a vyslovil několik nadčasových myšlenek. V roce 1787 například vynalezl metodu pro odhalování přítomnosti toxického octanu olovnatého ve víně, kterým se v té době víno doslazovalo.

Předpověděl také existenci mikroorganismů. V roce 1831 (tedy 30 let před Pasteurovým objevem mikroorganismů a 52 let před oficiálním objevem bakterie cholery Dr. Kochem) Hahnemann napsal: „K nejvýraznějšímu šíření epidemie cholery dochází na lodích ve stísněných prostorech plných plesnivých vlhkých výparů, kde má miasma cholery podmínky pro šíření, a kde dochází k enormnímu líhnutí těch extrémně miniaturních, neviditelných živých tvorů, tak nepřátelských vůči lidskému životu, kteří pravděpodobně tvoří nakažlivou látku cholery.“

Přispěl také ke vzniku hygienických návyků. Při epidemiích nabádal pacienty k vyvařování prádla a dodržování hygieny, aby by se minimalizovalo riziko nákazy, což nikdo z jeho kolegů nepovažoval za důležité. Také doporučoval zdravý životní styl, pobyt na čerstvém vzduchu, dostatečný odpočinek a zdravou stravu.  

Zasazoval se také o humánnější přístup k duševně nemocným pacientům.

Hahnemann a jeho kolegové homeopati měli skvělé výsledky v léčbě epidemií tyfu, cholery, spály atd. Při homeopatické léčbě umíralo výrazně méně pacientů než v péči konvenčních lékařů.

Jakmile začala homeopatie nabírat na popularitě, Hahnemann musel čelit čím dál většímu nátlaku skeptiků z řad tehdejších lékařských a politických autorit, ale i lékárníků. Na druhou stranu měl mezi vlivnými osobnostmi také několik přátel (mnohé z nich léčil), kteří mu v těžších fázích života pomohli. Nakonec se však rozhodl odejít ze svého rodného Německa do Francie, kde homeopatii velmi zpopularizoval.

Hahnemann léčil mnoho vlivných a známých osobností, mezi které patří například Johann Wolfgang Goethe, Ludwig van Beethoven, či Niccolo Paganini.

Zemřel v Paříži 2. července 1843 ve věku 88 let.

Doporučujeme každému, kdo chce studovat homeopatii, přečíst si knihy od Samuela Hahnemanna, a to především Organon a The chronic diseases: Their peculiar nature and their homoeopathic cure.